Система внутреннего контроля Общества основана на взаимодействии и разграничении компетенции входящих в нее субъектов (органов и лиц), осуществляющих разработку, утверждение, применение и оценку эффективности процедур внутреннего контроля. В Обществе создана система внутреннего контроля, при которой контрольные функции определяются на всех уровнях управления деятельностью  Общества и на уровне бизнес-процессов.  

До апреля 2008 года функции внутреннего контроля Эмитента осуществляла созданная в августе 2004 года Служба контроллинга и внутреннего аудита.

На основании договора №407/30-1143/26 от 14.09.2007 между ОАО «Кубаньэнерго» и ОАО «МРСК Юга» «О передаче полномочий единоличного исполнительного органа», выполнение функций, направленных на обеспечение эффективного функционирования системы внутреннего контроля в Обществе, с апреля 2008 года осуществляет Департамент внутреннего контроля и аудита ОАО «МРСК Юга».

Система внутреннего контроля Общества предусматривает проведение следующих процедур:

• осуществление контроля формирования и исполнения бюджета, утвержденного Советом директоров;
• проведение комплексных и аудиторских проверок, мониторинга и анализа результатов проверок деятельности Общества и его филиалов;
• профилактическую работу по предотвращению нарушений путем доведения информации о выявленных существенных нарушениях и недостатках до всех структурных подразделений Общества;
• контроль  устранения выявленных нарушений;
• выявление и анализ рисков финансово-хозяйственной деятельности Общества;
• разработку мероприятий по минимизации рисков финансово-хозяйственной деятельности;
• организацию сбора, обработки и передачи операционной, финансовой и другой информации о деятельности Общества, а также  установление эффективных каналов и средств коммуникации, обеспечивающих вертикальные и горизонтальные связи внутри Общества;
• определение и доведение сотрудникам Общества их обязанностей в сфере внутреннего контроля;
• обеспечение выполнения принятых в Обществе процедур внутреннего контроля;
• надлежащее документирование процедур внутреннего контроля;
• проведения процедур превентивного контроля через систему согласования условий сделок, проведения тендеров, торгов, комиссий по списанию активов, согласования стандартов и других внутренних нормативных документов.

Советом директоров ОАО "Кубаньэнерго" 12.02.2009 утверждено Положение о процедурах внутреннего контроля ОАО "Кубаньэнерго" (протокол №66/2009 от 12.02.2009)